清洁目标物即清洁验证中需关注的残留物，对于非无菌生产过程，通常包括活性成分、微生物和清洁剂；对于无菌生产过程，还加入细菌内毒素。在原料药内控标准中，对细菌内毒素有具体要求，清洁验证也应考察细菌内毒素残留。根据风险分析结果，也可增加其他可能存在的残留 。
在检查中发现，有的企业在选择清洁目标物时，缺少充分的评估。如某厂原料药盐酸法舒地尔洁净区玻璃反应釜的清洁验证文件中，缺少细菌内毒素控制分析数据及评估，而内控标准中对内毒素有要求；又如某厂原料药次水杨酸铋在清洁验证报告中缺少产品溶解性、化学残留物、稳定性的内容 ，对清洁目标物的评估不充分 。
对于专用生产设备，有的企业未经必要的风险评估确定合适的清洁目标物。如某厂口服混悬剂虽为专线生产，但化合物本身易降解为氧化型产物 ，且处方中添加了蔗糖等矫味剂，在清洁验证时仅作了目检，未对可能的降解产物、微生物残留进行测定考察 。
清洁目标物中活性成分的确定需经过风险评估，充分考虑其溶解度、清洁难易程度、毒性和效价、稳定性等，以确定最差条件 。如某厂共线生产20% 甘露醇、0.2% 乳酸左氧氟沙星、0.4% 甲硝唑等注射剂，以水为清洁剂；虽乳酸左氧氟沙星、甲硝唑属于微溶于水的化合物，但因为甘露醇注射液浓度为 20%，其易结晶难洗，故选择了甘露醇作为清洁目标化合物。又如，某厂药膏涂布机清洁验证仅进行了不挥发物检测，未考虑活性成分含辣椒素、生物碱、薄荷脑、樟脑等易溶或可溶的化合物；经整改评估后，最终选择生物碱为目标化合物。再如，某湿法混合制粒机，清洁目标化合物的选择比较困难 ，因共线品种有非洛地平缓释片、阿奇霉素分散片 、复方曲尼司特片等；其中非洛地平、阿奇霉素溶解度较差，两者日治疗剂量分别为 2.5mg、167mg，最终选择日治疗剂量小的非洛地平为目标化合物 。
在检查中发现，有的企业对生产设备和器具未制定清洁后的保存时效，缺少微生物等方面的数据支持。如某企业规定一般区设备清洁有效期为 7天、洁净区设备清洁有效期为 3 天，但未提供数据支持。一般应根据产品特性、生产计划安排、设备贮存条件等情况，自行制定微生物污染水平控制的限度，并通过定期取样检测微生物，以确定清洗后到下次生产的最长贮存期限。微生物限度通常制定为 ＜25~100 CFU/25cm2，也可参考环境中的表面微生物要求 。
对于无菌产品，一般最后一道清洗水为注射用水，微生物限度至少不应超过注射用水的微生物限度标准。GMP 原料药附录第二十四条第六款规定 ，对于有细菌内毒素限度要求的产品，清洁验证时需关注细菌内毒素残留。如某无菌原料药车间，其工艺设备清洁验证方案没有涉及品种细菌内毒素控制的描述；整改时在清洁验证文件中加入细菌内毒素控制措施的内容，如原辅料的细菌内毒素控制 、活性炭脱色、设备和管道采用在线清洁 （ CIP ） 并用注射用水清洗等措施，并按照设定的细菌内毒素限度进行清洁验证，限度通常和注射用水标准 （ ＜0.25EU · mL -1 ）相同 。
环保低毒、成分明确、组成简单、低残留、可检测性强、价廉是选择清洁剂时重点考量的问题。对于水溶性残留物，水是首选的清洁剂。根据残留物和设备的性质，也可自行配制一定浓度的酸、碱溶液。如生产设备搪瓷反应罐 （ 该阶段产物不溶于水 ，溶于酸 ）、 不锈钢反应罐、双锥真空干燥机 （ 该阶段产物不溶于水，溶于酸、碱 ） 均采用热水进行清洁 ，却未根据各阶段产物的溶解性选择合适的清洁剂 ；经整改，搪瓷反应罐选择稀硝酸溶液进行清洁，不锈钢反应罐、双锥真空干燥机选择 2% 氢氧化钠进行清洁，此更具科学性。有的企业未考虑不同品种采用不同的清洁剂，需分别进行清洁验证。如口服乳剂和口服液共线生产，前者选用 1% 氢氧化钠溶液作为清洁剂，后者选用纯化水作为清洁剂，但清洁验证仅选择口服乳剂作为最难清洁对象，此举不妥；经整改，对选用纯化水为清洁剂的品种重新进行了清洁验证 。
若选用有机溶剂作为清洁剂，其使用和残留限度方面的要求，可参考 ICH Q3C 残留溶剂指导原则。
该指导原则根据溶剂可能对人体造成的危害，将其分为三类 ：一类溶剂如苯、四氯化碳等已知的人体致癌物，应避免使用；二类溶剂如乙腈、甲醇、氯仿等非遗传毒性致癌物质，应限制使用；三类溶剂如乙醇、丙酮、乙酸乙酯等对人体有低潜在毒性，每日50 mg 或更少量时无需论证即可接受。对于挥发性有机溶剂，如确定有充分的条件使其挥发，可不设定残留限度。有的企业从产品工艺已使用的溶剂中选择清洁剂，并优先选择第三类溶剂，通过 TOC检测控制清洁剂的残留，该方法值得借鉴。有的企业选择工艺中回收的有机溶剂作为清洁剂，如使用回收乙醇进行清洁，但缺少对回收乙醇的质量检测要求和评估；经整改，对回收乙醇的质量标准、重复使用次数等作出了明确的规定 。
对于化学稳定性较差的活性物质，还需考虑其降解产物对清洁验证的影响。检查中发现，有的企业在进行清洁验证时，只考虑活性成分本身而忽视了可能的降解产物，如头孢拉定降解为头孢氨苄 、乌头碱水解为单酯型乌头碱和乌头原碱。如此，导致目标物因转化成其它物质，使得实际检出结果偏低，且把降解产物带入了下一批产品中、可能会增加有关物质的检测结果。例如，利伐沙班的降解产物氯噻吩-2-甲酰氯具有基因毒性，在制定残留物限度时必须考虑此类降解产物对下批产品带来的不利影响 。
检查中发现，有的企业在引入研发品种或者新增上市品种后，未对生产线上共线产品重新作出风险评估，以确定新增品种的清洁要求是否影响当前清洁验证状态。如新品度他雄胺软胶囊共用固体制剂生产线的铝塑包装机，未进行清洁验证或确认；新品替硝唑阴道泡腾片、双唑泰阴道泡腾片、氨酚伪麻美芬片（Ⅱ），未做相关清洁验证或风险评估 。
组内新增较容易清洁品种，一般只需在实验室或中试放大时确认其容易清洁，或进行一般清洗确认即可；组内引入更难清洁品种，则需对最差条件进行清洁验证 。
清洗确认与清洁验证是有区别的，有的企业错误地将清洁确认当作清洁验证，如头孢西丁钠、头孢呋辛钠无菌原料药生产用分装机、粉碎机等共用设备，在清洁验证时仅确认了一批产品清洁后的效果，无法证明该清洁方法的持续有效性。清洁确认用于证明设备经一次清洁操作后可用于后续的生产，适用于如临床样品、研发产品，或是出现偏差（ 如超出规定清洁有效期 ） 影响了清洁验证状态的情形。清洁确认因是“一次性”的，方案中仅需根据下批产品确定残留限度。清洁验证的目的则是证明清洁规程的持续有效性，通常要连续进行 3 次 。
对于共用设备的辅助设备、管道或部件，企业往往容易忽视。故对多产品共用设备，与产品直接接触的主要和次要设备、管道或部件均需要进行清洁验证 。
根据人工参与程度，将清洁方式分为在线清洁（ CIP ）、 手动清洁和半自动清洁。利用这3种清洁方式的差异进行组合，以建立适当的清洁程序 。
CIP一般用于清洗大件设备，如配液系统、流化床、发酵罐等，在人员培训和清洁验证的基础上，实现对清洗程序一致、稳定地监控。在检查中发现，有的企业虽然制定了 CIP 程序，但关键参数如清洁剂流速和压力、温度、清洗时间等内容未详细纳入清洁验证方案中，不利于指导清洁验证的有效执行 ；有的企业在制定文件时，对于CIP储罐中清洗水的回水流速和清洁后的排放未作明确规定，不能有效地防止微生物污染。在CIP设计阶段，生产设备及CIP模块的管道应具有一定坡度及足够的排水管内径，以确保管路排空。对于再循环系统，回路的设计应避免形成死角，且具有足够的回水流速。若CIP模块与生产设备距离较远，可在主要设备前的分配管路中设泵、以提供稳定的压力。
某企业CIP系统确认资料收集了增压泵运行的速度数据，但由于泵后装有阀门，未收集清洗时末端管道的压力数据 ；经整改，在配制罐阀门后增加了压力传感器，监测喷淋球的清洗压力，同时配制压力报警功能，确保CIP过程中清洗压力不低于验证时的压力 。
手动清洁即由经培训的操作员清洗设备。在检查中发现，操作员对洁净操作规程不熟悉，操作不规范，如洁净区称量岗位、湿法制粒岗位对清洁步骤回答错误，或未能及时填写清洁记录。对操作员进行充分的培训、制定清晰易懂的清洁操作程序 ，有助于确保手动清洁的正确性及一致性 。半自动清洁介于CIP和手动清洁之间，如进行CIP前，一些简单的垫圈、配件的拆除宜手工清洗 。
在检查中发现，有的企业未能根据清洁验证结果制定合适的半自动清洁方法。如核黄素喷淋实验显示，喷淋范围不能完全覆盖罐体内壁上部，但清洁操作规程中未对该部分结构的清洁方法进行描述 ；经整改后，增加了“对搅拌桨固定轴上部和人孔侧壁处进行手工清洁 ” 的要求。有些企业虽然能够根据清洁验证结果制定半自动清洁方法；但规程制定得不够详细。如小容量注射剂车间 Ⅰ线在进行乳剂配液系统喷淋效果验证时，通过核黄素试验发现 ，氮气管内及罐口内侧有荧光，按照验证结果修订了清洁操作规程，采用拆卸擦洗对氮气管内及罐口进行清洁；经整改，修订了操作规程，明确了拆卸步骤、擦洗方式、安装步骤等 。
在检查中经常遇到同型号、同材质的设备是否均需做清洁验证；新增设备后，如何评估以确定是否需重新做清洁验证等。例如，在瑞舒伐他汀钙生产设备清洁验证中，粗品在一般区溶解、在洁净区成盐步骤使用多台同型、同材质反应釜，仅选择了其中一台进行了清洁验证，对设备的选择评估不全面；经整改后，虽然设备型号、材质相同，但接触到的目标物不同、清洁方法不同、设备所处的环境不同，则对粗品溶解、成盐步骤分别进行了清洁验证 。
同步骤对其余同型设备进行了清洁确认。又如，某粉针剂新增另一型号的分装机，企业未从设备材质、功能结构、清洁灭菌方法等进行风险评估，以确定是否需要重新做清洁验证；经整改和评估后，新旧设备与药粉直接接触的部件材质均为 316L 不锈钢，但因构造不同，导致最难清洁部位不同，需重新进行清洁验证。若设备型号、材质、清洁方法、操作环境“等同”， 可通过评估进行合理分组，选择代表性或最难清洁设备进行清洁验证，组内其它设备完成清洁确认即可。若通过评估分析，设备之间“不等同”， 或新增设备形成了最差条件，则需重新进行清洁验证。美国FDA 颁布的 “SUPAC 指南 ”（ 药品放大和批准后变更指南 ） 有助于“等同性” 判定 。
取样方法通常包括淋洗法、擦拭法及目检等。淋洗法适于擦拭取样不宜接触到的表面，对于表面平坦、管道多且长的液体产品的生产设备，尤为适用。某配液系统清洁验证采用淋洗法取样，未明确规定淋洗水的取样方法，使 ? 批检测结果差异较大；经偏差调查，原因为淋洗水未充分混匀，导致残留物未分布均匀。应用淋洗法需确保淋洗液充分接触到待清洁物表面，且残留物能均匀分布在淋洗液中 。
一般最终淋洗水与工艺用水级别一致，例如 ，注射剂使用注射用水，片剂、硬胶囊剂等口服制剂使用纯化水，但需注意最终淋洗水限度标准的确定。如某企业培养基模拟灌装试验后清洁确认，采用检测淋洗水TOC方法，限度标准为药典标准 （<500PPB ）， 未考虑与空白样品的检测值进行比较；还如，25%葡萄糖注射液的配液系统清洁验证，采用检测淋洗水 TOC 的方法，3 批灌装机清洁排水口的TOC检验结果分别为622.9、954.6、941.2，而空白水的 TCO 分别为 59.78、6.87、60.91，结果判断为合格。样品检测结果较空白值高，需考虑可能的残留物对产品质量的影响，以确保清洁方法有效 。擦拭法可将未溶解、干结在设备表面的物质擦拭下来，对于结构复杂的设备，这是对淋洗法的有力补充。常用的擦拭工具为棉签，使用前最好用溶剂预先清洗，以去除脱落的纤维及其他可溶性物质。微生物取样应使用无菌擦拭棒 。
由于擦拭法通过部分表面取样分析，以反映整个设备的状况，这就要求取样应有代表性，通常取最差条件的位置。有的企业未在清洁验证方案中评估取样点的选择依据，或未附取样点的示意图，不能直观体现取样点所在位置，不利于岗位操作人员的理解和操作重现性。例如，在 《 盐酸纳美芬生产用设备清洁验证报告 》 中，FZG- 非标真空干燥箱取样点为“烘盘拐角处 C4、C5 点，烘盘内表面 M3 点”，缺少具体示意图 。目检法的影响因素较多，主观性强，不作单一接受标准 。
化学残留和微生物残留的取样应选择具有代表性的点位。有的企业在清洁验证时，对取样点的选择评估不充分。如某黄体酮精制、干燥设备清洗验证方案，未经风险评估选取最难清洁点；反应罐化学残留取样未选择搅拌桨叶底部；结晶罐微生物残留取样未选择罐底容易积液处。又如，某厂规定冻干箱同品种不同批号、连续生产 7 天才清洗灭菌，清洁验证时仅对其清洁灭菌密封状态 7 天后对小门内侧附近取样，确认无菌保持状态，显然不具备代表性；经评估整改后，规定每次生产后、开大箱门后、停产后、恢复生产前均需清洗，每次清洗后必须灭菌。化学残留取样部位为较难清洁和易集聚残留物的位置，如压片机加料斗底部、离心机滤片、包衣机的导流片、搅拌桨底部和阀门周围。微生物取样部位是较难清洁的地方及容易积液处 。
GMP 的宗旨是最大限度地降低药品生产过程中污染、交叉污染以及混淆、差错等风险。制定有效的清洁规程是防止污染、交叉污染的重要举措之一。而有效的清洁规程需要充分的清洁验证来证明。国内外发生的一些药害事件，如美国消胆胺树脂的召回事件、上海华联制药厂甲氨喋呤药害事件等，都表明企业做好清洁验证的重要性，因此对清洁验证应给予充分重视 。
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