早稻田大学7日宣布，决定取消理化学研究所的“美女研究员”小保方晴子的博士学位，不过，却又设定了1年左右的“缓刑”时间，只要小保方晴子能够对论文进行符合博士论文要求的修改，就可以维持其学位。因此，小保方晴子是否能够保住博士学位，尘埃仍未落定。

早稻田大学同时决定，对小保方晴子的指导教师、担任博士论文主审的该校教授常田聪给予停职1个月的处分，对论文副主审、该校教授武冈真司给予训诫处分，同时要求早稻田大学校长镰田熏主动退还月薪中20%的职务津贴，为期5个月。

镰田熏7日下午指出，小保方晴子存在问题的博士论文是因过失而提交的草稿，虽然后来又提交了正文，但是提交与审查对象不同的论文显然是缺乏基本的注意义务，因此决定取消其博士学位。但是另一方面，在授予博士学位的过程中，大学方面也存在指导和审查的重大缺陷，所以决定给予1年的缓期，通过对论文进行指导和订正，如果能够满足博士论文的要求，可以维持博士学位。

而理化学研究所7日指出，该所录用小保方晴子时并没有以拥有博士学位为条件，所以对于早稻田大学的决定，理化学研究所不会采取任何措施。

小保方晴子及其研究团队在今年1月30日出版的英国《自然》杂志上发表论文说，他们成功培育出了能分化为多种细胞的新型“万能细胞”—“STAP细胞”。其重要意义一度让她被赞为“学术女神”。但很快有众多研究人员在网上揭露该论文存在诸多疑点。

理化学研究所在4月1日发表报告，宣布“STAP细胞”论文存在“捏造”和“篡改”。此后，理化学研究所8月27日发布了验证工作的中期报告，指出未发现这种细胞存在的迹象。

此外，还有研究人员在网上揭露小保方晴子向早稻田大学提交的博士论文也有可疑之处。小保方晴子于2011年修完早稻田大学先进理工学研究科博士课程，获得该校工学博士学位。在这种情况下，早稻田大学从今年3月开始对小保方晴子的论文、该校的相关体制和审查过程进行调查。

7月17日，调查委员会公布调查报告，宣布在对小保方晴子的博士论文进行调查后，发现其中存在26个问题，但出现这些问题是因为小保方晴子“提交博士论文时误提交了草稿，所以不符合取消学位的规定”。

调查报告指出，该论文存在侵犯着作权、意义不明、主旨不明确、缺乏整合性、形式不完善等26个问题，“内容的可靠性和妥当性显着低下”。

报告还批评早稻田大学的审查体制，认为“如果不是由于论文审查存在重大缺陷和不完备之处，难以想像小保方晴子会被授予博士学位”。

但是该报告又让人难以理解地指出，这个论文是2011年1月小保方晴子将草稿错误地装订成正本提交给大学，不能说是靠不正当手段获得的博士学位。

早稻田大学校长镰田熏当时表示，他将尽快研读这份调查报告，并在充分尊重报告结果的情况下，决定该校如何采取措施。

小保方晴子事件被认为是2005年韩国黄禹锡造假事件之后国际科学界最大的丑闻。小保方晴子的日方导师、干细胞科学家笹井芳树已自缢身亡。牵涉其中的美国科学家查尔斯·瓦坎蒂也表示将辞去在哈佛大学附属布莱根妇女医院的职务，并“休假一年”。