2013年6月3日，国家环境保护部网站公布关于《2013年开展整治违法排污企业保障群众健康环保专项行动的通知》（下称《通知》）,在这份由环保部、发改委、工信部、司法部、住建部、工商总局和安全监管总局等7部门联合印发的文件中，一场全国范围内的环保专项行动明确将在2013年5~11月正式启动，其中，“全面排查整治医药行业环境污染问题”正式作为这一行动的3项重点任务之一。

由于各家产品不同，不同企业涉及治污达标的成本悬殊，但相关人士认为，这项以往被隐藏在“经营成本”中极少单独显示的开销，将会普遍推升公司的成本将近两成，“不排除某些以往并不规范的重点公司，由于涉及产品更多，设备运行维护费用更高，被推高的成本也可能会更大。”他表示。

以制药企业中都会涉及的污水处理一项为例，以一个大中型制药公司的标准保守估算，每天生产需要排出5000~6000t废水，平均1t污水处理费用15~20元，一年费用3500万；如果加上二级污水处理厂随后进行处理的年费用，这笔费用往往会升至6000万甚至更多。

20世纪90年代后，伴随全球医药产业的升级和区域性转移，以高污染、高耗能、低附加值为主要特征的原料药行业逐渐从欧美向亚洲大规模转移，中国随后迅速成为包括青霉素、维生素C等大宗原料药的全球最大生产国，随着产业的扩大，随之而来的偷排废水、废气、废液的“三废”问题越来越突出并成为行业顽疾。

实际上，目前我国药企在环保处理方面普遍做得不好，国内有7000多家药品生产企业，8成以上是中小企业，这些企业年销售额仅几百万，而环保的投入是巨大的，少则上千万，多则过亿，这根本不是中小企业可以承担的，所以也可以说国内药企在环保处理方面普遍做得不好，是跟整个医药结构有关。

环保部公布的数据显示，2009年中国制药工业总产值占全国GDP的比例不到3%，而污染排放总量却占到了6%；而在各类药品中，以维生素、青霉素等代表品种为主的原料药属高污染、高耗能产业，对大气、水域的污染尤为严重。