日本病理学者M. Sakamoto研究了肝癌形成过程中不同分子通路的激活过程，这对于多阶段HCC的病理诊断很有用。

HCC发展过程的特点是从慢性病毒感染和肝硬化、异型增生性小结，演变为早期HCC，并最终进展为临床病理学的晚期HCC。迄今为止，研究者们报告了许多涉及多阶段肝癌形成的分子机制。肝癌形成的突出特征之一是在分化和进展过程中出现血管过度增生，显示出血管生成开关对于从早期向晚期HCC进展的重要性。肝癌形成过程中不同分子通路的激活过程，对于多阶段HCC的病理诊断很有用。一些基因如HSP70、CAP2和GPC3被发现是早期HCC的潜在分子标志。有人观察到干性基因(stemness gene)Bmi-1在早期HCC中过度表达，与ABCB1 (MDR1)表达增加有关。在HCC从早期向晚期进展的过程中，典型的癌基因或抑瘤基因如β连环素和p53发生突变。TGFBR2表达下降或Akt磷酸化增加，被发现是HCC早期病变复发的危险因素。同样，在晚期HCC中存在成肝细胞的特征如K19，可用作进展型HCC的预测因子。尽管在多阶段肝癌形成的诊断方面取得了许多进步，但我们仍然需要更实用的，更精确地评估肝癌形成的每个步骤，以便更好地选择治疗方法，包括当前和未来的靶向治疗。